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微波杀菌是利用了电磁场的热效应和非热效应的共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变性，使细菌失去营养、繁殖、和生存的条件而死亡。非热效应是在微波电磁场的作用下,生物体内的一些分子将会产生变形和振动,使细胞膜功能受到影响,使细胞膜内外液体的电状况发生变化,引起生物作用的改变，从而杀死细菌。
微波杀菌设备特点：
1、时间短、速度快：微波则利用其透射作用，以热效应和非热效应的共同作用，使物品内外均匀的、迅速升温杀灭细菌。
2、低温杀菌：相比常规热力杀菌在比较低温的温度、较短的时间内就能获得灭虫杀菌效果，一般杀菌温度在75～80℃，处理时间3～5分钟。
3、节约能源：微波电磁转换率高，一般在70%以上，优于加热的电热效率。加之，微波是直接对食品进行磁热能量转换，微波加热器本身不会被加热，因而不存在额外的热功耗，所以节能省电，相比节电30~50%。
4、杀菌均匀**：常规热力杀菌是从物料表面开始的，通过热传导，由表及里的渐次加热，内外存在温差梯度，造成内外杀菌效果不一致，愈厚问题就愈突出。而微波的穿透性，使表面与内部同时受热，保证内外均匀杀菌。
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